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De uma maneira geral, os métodos empregados para o manejo de pragas e doenças no sistema orgânico podem ser sintetizados em três grandes pontos: 1) aumento da resistência das plantas (manejo adequado, espécies adaptadas e biofertilizantes); 2) controle biológico e uso de feromônios; 3) proteção física, repelentes e tratamentos curativos à base de produtos naturais. O controle biológico se fundamenta principalmente na:
Segundo as normas brasileiras, para que receba a denominação de orgânico, o produto deve ser proveniente de um sistema em que tenham sido aplicados os princípios estabelecidos pelas normas orgânicas por um período variável de acordo com a utilização anterior da unidade de produção e a situação ecológica atual, mediante as análises e avaliações das respectivas instituições certificadoras. O processo de mudança do manejo convencional para o orgânico é conhecido como conversão. Para os produtos se tornarem efetivamente orgânicos será necessário que a unidade de produção passe por:
A Lei nº 10.831, de 23 de Dezembro de 2003, no Art. 1º, estabelece as finalidades de determinado sistema de produção: ofertar produtos saudáveis isentos de contaminantes intencionais; preservar a diversidade biológica dos ecossistemas naturais e a recomposição ou incremento da diversidade biológica dos ecossistemas modificados em que se insere o sistema de produção; incrementar a atividade biológica do solo; promover um uso saudável do solo, da água e do ar; reduzir ao mínimo todas as formas de contaminação desses elementos que possam resultar das práticas agrícolas; manter ou incrementar a fertilidade do solo a longo prazo; reciclar resíduos de origem orgânica, reduzindo ao mínimo o emprego de recursos não-renováveis; basear-se em recursos renováveis e em sistemas agrícolas organizados localmente; incentivar a integração entre os diferentes segmentos da cadeia produtiva e de consumo de produtos orgânicos e a regionalização da produção e comércio desses produtos; manipular os produtos agrícolas com base no uso de métodos de elaboração cuidadosos, com o propósito de manter a integridade orgânica e as qualidades vitais do produto em todas as etapas. Dentro desta linha de trabalho, esta lei trata do sistema de produção.
Embora muito atraente em termos financeiros, o mercado de produtos orgânicos se depara com um dos mais importantes gargalos que dificultam a expansão das áreas de produção, que é a conversão dos sistemas convencionais para sistemas orgânicos. As áreas de lavoura convencional, cujas pragas e doenças são controladas à base de defensivos, fazem com que os primeiros anos de agricultura orgânica possam representar para o produtor:
O sistema de manejo sustentável da unidade de produção com enfoque sistêmico privilegia a preservação ambiental, a agrobiodiversidade, os ciclos biológicos e a qualidade de vida do homem. Dentre seus princípios pode-se destacar o melhor aproveitamento dos recursos naturais renováveis, conservação dos recursos não renováveis, minimização da dependência de energias não renováveis, além da não utilização de fertilizantes de alta solubilidade, agrotóxicos, antibióticos, hormônios, aditivos artificiais, organismos geneticamente modificados e radiações ionizantes. Esse sistema é conhecido como:
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