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Um dos principais problemas associados à estimativa filogenética usando caracteres moleculares é o acúmulo de substituições múltiplas. No caso de sequências de DNA só existem quatro estados de caracteres possíveis A, T, C e G. Portanto, em uma mesma posição de um gene duas sequências podem apresentar a mesma base, não devido à ancestralidade comum (homologia), mas sim por “coincidência" (homoplasia) já que houveram substituições múltiplas em uma mesma posição, devido a alta taxa de substituição. As substituições múltiplas levam a uma subestimativa da distância genética, ou seja, do real número de mudanças que ocorreu na sequência estudada. O principal a meio de corrigir as estimativas de distância genética é:
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