A floresta era ocupada por grupos indígenas tupis relativamente numerosos, como os tupinambás, que já praticavam a agricultura, mas em perfeito estado de harmonia com a vida vegetal e animal.
Em contrapartida, a relação do colonizador com a floresta e seus recursos foi, desde o início, predatória. Os colonos não percebiam a importância dos benefícios ambientais que a cobertura florestal nativa trazia, além de serem motivados pela valorização da madeira e do lucro fácil. Esses fatores levaram à supressão de enormes áreas da floresta para a expansão de lavouras e assentamentos urbanos e à adoção de práticas de exploração seletiva e exaustiva de espécies como o pau-brasil — o que aconteceu antes mesmo da exploração do ouro e das pedras preciosas.
Para se ter uma idéia, o monopólio da exploração do pau-brasil pela Coroa portuguesa só terminou em 1859, quando essa percebeu que o volume contrabandeado era superior ao das vendas oficiais e surgiram os corantes produzidos a partir do alcatrão mineral. Assim, foram mais de três séculos de extração predatória sem que sequer o processamento da madeira para extração do corante tivesse sido desenvolvido na colônia, agregando algum valor ao produto ou gerando postos de trabalho.
"Terra Brasilis", como ficou conhecida a nova colônia de Portugal, teve a origem de seu nome diretamente ligada à exploração do pau-brasil e, portanto, ao início da destruição da Mata Atlântica. Calcula-se que 70 milhões de árvores foram levadas para a Europa. Atualmente, a espécie vive graças ao trabalho de grupos ambientalistas que fazem seu replantio.
