O fundamento do Princípio do Promotor Natural encontra guarida no Princípio Constitucional da Independência Funcional (§1º, do artigo 127, da Constituição da República), e nas garantias preconizadas pelas letras "a " a "c", do inciso I, do artigo 128, da Constituição da República, ou seja, vitaliciedade, inamovibilidade e irredutibilidade de subsídios, em especial da inamovibilidade; assim como, no disposto pelo inciso LIII, do artigo 5º, da Carta Magna, ou seja, de que ninguém será processado, nem sentenciado, senão pela autoridade competente. Em outras palavras, assegura, este Princípio, uma atuação independente e livre de quaisquer pressões, ou, influências ao membro do Ministério Público, o qual, está compromissado com a lei, e sua consciência jurídica.
O postulado do Promotor Natural, que se revela imanente ao sistema constitucional brasileiro, repele, a partir da vedação de designações casuísticas efetuadas pela Chefia da Instituição, a figura do acusador de exceção. Esse princípio consagra uma garantia de ordem jurídica, destinada tanto a proteger o membro do Ministério Público, na medida em que lhe assegura o exercício pleno e independente do seu ofício, quanto a tutelar a própria coletividade, a quem se reconhece o direito de ver atuando, em quaisquer causas, apenas o Promotor cuja intervenção se justifique a partir de critérios abstratos e predeterminados, estabelecidos em lei.
A matriz constitucional desse princípio assenta-se nas cláusulas da independência funcional e da inamovibilidade dos membros da Instituição. O postulado do Promotor Natural limita, por isso mesmo, o poder do Procurador-Geral que, embora expressão visível da unidade institucional, não deve exercer a Chefia do Ministério Público de modo hegemônico e incontrastável.
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